Suzume, une jeune fille de 17 ans, vit dans une ville tranquille de la région de Kyushu, au sud-ouest du Japon. Elle rencontre un jeune homme à la recherche d'une "porte". Les deux voyagent ensemble et trouvent une vieille porte dans une maison abandonnée dans les montagnes. Comme si elle était attirée par quelque chose, Suzume tend la main vers la porte et est tirée à l'intérieur. "Les portes du désastre" commencent à apparaître à travers le Japon, ce qui déclenche une série de catastrophes. Suzume va alors entamer un voyage à travers le Japon afin de fermer les portes une par une, dans le but d'éviter un désastre.
