Trois ans après les événements tragiques liés au projet Babylone et à l’Arche, un Labor des Nations Unies est détruit durant une opération de maintien de la paix en Asie du Sud-Est. Cet incident va être le déclencheur d’un plan machiavélique visant à incriminer les forces d’autodéfense japonaises et créer au Japon une panique à échelle nationale. Les agents Gotô et Nagumo de l’unité spéciale 2 sont alors sollicités par un membre de la commission d’enquête spéciale de l’armée de Terre pour travailler sur l’affaire. Mais la situation va vite se corser lorsqu’ils apprennent que le cerveau de cette entreprise terroriste n’est autre que Yukihito Tsuge, l’ancien mentor et amant de Nagumo. Nagumo sera-t-elle capable de faire face à cette réalité et de rester fidèle à son unité pour mettre fin au plan destructeur de Tsuge ?
Dans un monde futuriste, la police de Tokyo, comme de nombreux industriels, utilise des robots géants appelés « Labors ». Alors que la ville est en passe de devenir une nouvelle Babylone grâce à l’utilisation massive de ces Labors, le gouvernement constate de plus en plus de dérèglements des robots géants qui mettent en péril la population. Le nouveau système d’exploitation créé par la très puissante corporation Shinohara, en charge de la construction des Labors, serait à l’origine des incidents. Défaut de fabrication ou sabotage, les officiers Noah Izumi et Azuma Shinohara mènent l’enquête…
Un village entier décimé par la peste. Envoyé sur les lieux en éclaireur par le gouverneur, un groupe de ninjas est honteusement mis en échec par Kagero, un monstre aux pouvoirs surhumains. L'une de ces ninjas est sauvée par Jubei Kibagami, un ronin solitaire. Bien malgré lui, il se voit forcé de lui prêter main forte afin de déjouer un complot contre le gouverneur. Il devra utiliser toutes ses ressources pour combattre un ennemi sur lequel la mort n'a pas d'emprise.
