Des hommes venus du futur débarquent au Japon pour alerter le monde de la menace représentée par Godzilla. Ils proposent d’effacer celui-ci de l’histoire en revenant dans le passé…
La chute d’une météorite ramène à la vie le monstre Battra, dont la mission est de défendre la terre jusqu’à en détruire l’humanité qui la pollue. Godzilla se réveille aussi…
L’ultime machine de guerre anti-Godzilla a été mise au point : c’est un nouveau robot géant pourvu d’un armement ultramoderne. Pendant ce temps, sur une île de la mer Bering, des scientifiques découvrent un oeuf géant…
Alors que le Dr.Shiragami, savant japonais installé dans un pays arabe, travaille sur l'hybridation des végétaux, un attentat détruit son laboratoire et sa fille est tuée. De retour au Japon dans son nouveau laboratoire, il mixe à ses hybrides des cellules de Godzilla et crée Biollante.
Le film se déroule en 1996, après la mort de SpaceGodzilla. Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.
