Asao, un drôle d’individu, naïf et influençable, a une idée fixe : s’envoyer en l’air, prendre son pied. Pour parvenir à ses fins, tous les moyens sont bons. Tour à tour loser, acteur, yakusa, il est même le sujet d’une expérience scientifique improbable visant à le rendre invisible…
Mechagodzilla, la version entièrement robotisée et à la pointe de la technologie de Godzilla, est en cours de réparation après sa bataille dévastatrice contre les monstres. Un duo de fées psychiques apparaît et avertit les scientifiques d'arrêter de reconstruire Mechagodzilla - mais leur avertissement reste lettre morte. Alors que la restauration du grand robot touche à sa fin, une série d'incidents mystérieux secouent le monde et réveillent Godzilla, qui se déchaîne et sème la terreur sur Tokyo. Mothra le rejoint et le Premier ministre japonais désespéré n'a d'autre choix que de lancer le Mechagodzilla inachevé contre Mothra et Godzilla. Mais qui se battra pour qui ? Et au final, le survivant sera-t-il un monstre, un robot ou un homme ?
2003. Après 4 ans de préparation scrupuleuse sous le contrôle du premier ministre, un nouveau robot invincible, Mechagodzilla, est terminé, équipé de nombreuses armes, dont le canon le plus puissant jamais construit et pouvant détruire n'importe quoi sur Terre. Akane Yashiro est transférée pour rejoindre l'équipe Mechagodzilla en tant que pilote. Dès que les tests commencent, l'ombre gigantesque de Godzilla s'élève des profondeurs de l'océan... la bataille du siècle est sur le point de commencer entre Godzilla et Mechagodzilla !
5 ans après que Godzilla terrorise la ville d'Osaka. Des scientifiques japonais ont développé de quoi enfin détruire le monstre ennemi numéro 1 du Japon. Ils ont créé le premier trou noir conçu par l'être humain, et qui emprisonnera Godzilla pour l'éternité. Mais pendant un test, un insecte pris dans le trou noir va muter, pondant des oeufs gigantesques éclosant en une nouvelle menace : des libellules géantes et monstrueuses appelées Meganula. Leur reine, mesurant une cinquantaine de mètre et baptisée Megagirus, chasse également Godzilla. Des hauteurs du ciel aux profondeurs des égouts de la ville, Megagirus, Godzilla et l'humanité s'affrontent pour le contrôle de la Terre.
L’ultime machine de guerre anti-Godzilla a été mise au point : c’est un nouveau robot géant pourvu d’un armement ultramoderne. Pendant ce temps, sur une île de la mer Bering, des scientifiques découvrent un oeuf géant…
