Rayden, le Dieu du Tonnerre accompagne Liu Kang, Johnny Cage et Sonya Blade au "Mortal Kombat", un tournoi titanesque où s'affronte l'Outremonde et les Humains depuis des millénaires. Si l'Outremonde remporte le tournoi 10 fois d'affilé, il pourra entrer sur le Royaume terrestre et cela marquerait la fin de la civilisation humaine. Les espoirs de l'humanité semblent minces face aux guerriers Scorpion, Sub Zero et Goro qui totalisent déjà neuf victoires consécutives.
Dans un futur proche, la surpopulation est devenue un tel fléau qu'il est devenu interdit d'avoir plus d'un enfant. Pour avoir enfreint cette règle, le capitaine John Brennick et sa femme son incarcérés dans une gigantesque prison souterraine, "La Forteresse". S'évader de ce centre carcéral ultra-sophistiqué semble impossible... pourtant Brennick échafaude le projet fou de s'enfuir !