L'apparition continue de formes de vie géantes non identifiées connues sous le nom d '«espèces de classe S (Kaiju)» est devenue un événement régulier au Japon. Voyant que les armes conventionnelles n'ont aucun effet sur eux, le gouvernement japonais publie le protocole de suppression des espèces de classe S et rassemble une équipe spéciale pour le mettre en œuvre. Au milieu de la menace Kaiju, un géant argenté apparaît au-delà de l'atmosphère terrestre.
