Il y a 50 ans, les forces de défense japonaises ont tué Godzilla. C'est ce qu'elles croyaient. Quand une série de terrifiantes catastrophes naturelles s'abat sur le Japon, y compris l'inexplicable naufrage d'un sous-marin américain, un vieil homme mystique prévient la nation que Godzilla est de retour pour détruire le Japon pour venger toutes les âmes perdues pendant la guerre du Pacifique. L'armée ne pouvant rien contre le monstre, le vieil homme réveille les bêtes sacrées de Yamato : King Ghidorah, Mothra et Baragon, des géants endormis protecteurs du Japon dans les temps anciens. Ces sauvages titans s'abattent sur Godzilla avec un pouvoir terrible accumulé pendant 2000 ans.
