En 1814, Hokusai est un peintre reconnu de tout le Japon. Il réside avec sa fille O-Ei dans la ville d’Edo (l’actuelle Tokyo), enfermés la plupart du temps dans leur étrange atelier aux allures de taudis. Le "fou du dessin", comme il se plaisait lui-même à se nommer et sa fille réalisent à quatre mains des œuvres aujourd’hui célèbres dans le monde entier. O-Ei, jeune femme indépendante et éprise de liberté, contribue dans l’ombre de son père à cette incroyable saga artistique.
Chihiro, une fillette de 10 ans, est en route vers sa nouvelle demeure en compagnie de ses parents. Au cours du voyage, la famille fait une halte dans un parc à thème qui leur paraît délabré. Lors de la visite, les parents s'arrêtent dans un des bâtiments pour déguster quelques mets très appétissants, apparus comme par enchantement. Hélas cette nourriture les transforme en porcs... Prise de panique, Chihiro s'enfuit et se retrouve seule dans cet univers fantasmagorique , elle rencontre alors l'énigmatique Haku, son seul allié dans cette terrible épreuve...
Takao, qui est en apprentissage pour devenir cordonnier, sèche les cours et dessine des chaussures dans un jardin de style japonais. Il y rencontre une mystérieuse femme, Yukino, qui est plus âgée que lui. Par la suite, et sans se donner rendez-vous, ils commencent à se voir encore et encore mais seulement les jours de pluie. Ils finissent par discuter ensemble et s'ouvre l'un à l'autre. Mais la fin de la saison des pluies approche...
Depuis la disparition de son père, Asuna, une jeune écolière, a pris pour habitude de s'isoler dans les collines. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque et sauvée par Shun, un garçon à l'allure héroïque. Avant de disparaître, ce dernier lui a dit venir d'un monde oublié appelé Agartha. Avec l'aide de l'un de ses professeurs, Asuna va partir à la recherche de cette légendaire terre des dieux où se trouve caché le secret permettant de ramener à la vie des êtres disparus. Mais jusqu'à où sera-t-elle prête à aller pour retrouver l'être qui lui est cher ?
Nishimiya est une élève douce et attentionnée. Chaque jour, pourtant, elle est harcelée par Ishida, car elle est sourde. Dénoncé pour son comportement, le garçon est à son tour mis à l'écart et rejeté par ses camarades. Des années plus tard, il apprend la langue des signes... et part à la recherche de la jeune fille.
