Une princesse de Vénus prophétise la destruction du monde par l'arrivée de trois grands fléaux : Godzilla, Rodan et un nouveau monstre, Ghidrah, un dragon alien géant doré à trois têtes. Très vite les destructions commencent et Mothra est appelé à la rescousse pour former une alliance inédite avec Godzilla et Rodan pour sauver le monde.
