À la suite du divorce de ses parents, Kai, un collégien solitaire, quitte Tokyo pour un petit village de pêcheurs. Pour occuper son temps, il compose de la musique électronique et rejoint un peu à contre cœur le groupe formé par ses deux camarades de lycée, Yûho et Kunio. Il accepte d'aller répéter avec eux sur une île mystérieuse. C’est alors que sa vie monotone bascule quand, grâce à sa musique, il rencontre en secret Lou, une sirène qui devient son amie. Lou se révèle une chanteuse et danseuse hors pair, et bientôt elle se joint au groupe. Le secret ne tarde pas à exploser au grand jour et les habitants du village découvrent avec stupeur l’existence de Lou. Hélas, les légendes sont tenaces et certains villageois y voient un signe annonciateur de catastrophes… Kai et Lou arriveront ils à rassurer les villageois ?
Mitsuha, adolescente coincée dans une famille traditionnelle, rêve de quitter ses montagnes natales pour découvrir la vie trépidante de Tokyo. Elle est loin d’imaginer pouvoir vivre l’aventure urbaine dans la peau de… Taki, un jeune lycéen vivant à Tokyo, occupé entre son petit boulot dans un restaurant italien et ses nombreux amis. À travers ses rêves, Mitsuha se voit littéralement propulsée dans la vie du jeune garçon au point qu’elle croit vivre la réalité... Tout bascule lorsqu’elle réalise que Taki rêve également d’une vie dans les montagnes, entouré d’une famille traditionnelle… dans la peau d’une jeune fille ! Une étrange relation s’installe entre leurs deux corps qu’ils accaparent mutuellement. Quel mystère se cache derrière ces rêves étranges qui unissent deux destinées que tout oppose et qui ne se sont jamais rencontrées ?
