1999. Condamné à mort pour le meurtre de son supérieur, devenu fou lors d'un exercice de combat mené conjointement entre les armées américaine et coréenne, Lee Chan Suk est fusillé. Quelques jours après cependant, Suk Lee se réveille et se retrouve enrôlé de force dans l'équipage du Phantom, un sous-marin nucléaire top-secret. Il comprend rapidement que la mission du Phantom consiste à s'auto-détruire...
