Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. El Topo s'engage alors dans la libération d'une communauté de parias...
Dans une autobiographie imaginaire et poétique, Jodorowsky nous dévoile son enfance dans les années 30 au Chili. Il décrit précisément les relations difficiles qu’il entretenait avec son père, au sein d’une famille déracinée, qu’il réinvente afin de restituer l’incroyable aventure et quête que fût sa vie.