En mer de Béring, alors qu'un cargo de plutonium s'échoue, une petite île est la proie d'étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsqu'un de ces ""Gyaos"" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s'allier avec le prédateur ancestral de l'oiseau : le Gamera. Mais une alliance est elle vraiment possible ?...
Dans le futur, en 1999, une race d'aliens belliqueux tentent de conquérir la Terre en prenant contrôle des monstres les plus terribles qui l'habitent. Partout dans le monde, les plus grandes capitales sont attaquées et détruites une par une. Mais qui pourra les arrêter ?
Godzilla, père célibataire, doit protéger son fils Minilla des dangers du monde moderne, autrement dit des mantes religieuses et des araignées géantes. Assez limité sur le plan intellectuel et très rapidement éloigné du système scolaire, le petit Minilla va apprendre la vie à la dure avec son père mais c'est en combattant une tarentule géante qu'ils découvriront le plus grand des trésors : l'amour filial.
