2003. Après 4 ans de préparation scrupuleuse sous le contrôle du premier ministre, un nouveau robot invincible, Mechagodzilla, est terminé, équipé de nombreuses armes, dont le canon le plus puissant jamais construit et pouvant détruire n'importe quoi sur Terre. Akane Yashiro est transférée pour rejoindre l'équipe Mechagodzilla en tant que pilote. Dès que les tests commencent, l'ombre gigantesque de Godzilla s'élève des profondeurs de l'océan... la bataille du siècle est sur le point de commencer entre Godzilla et Mechagodzilla !
