Jet Jaguar, un robot humanoïde, est saisi par les Seatopians vengeurs. Les créatures souterraines l'envoient comme guide pour l'instrument de leur revanche : Megalon. Quand le créateur du robot en reprend le contrôle, il l'envoie demander de l'aide à Godzilla. Mais cela pousse les Seatopians à faire appel au cyborg Gigan ! Maintenant Godzilla et Jet Jaguar doivent défendre la Terre face à Gian et Megalon !
