Un architecte médium arnaque les habitants de sa ville avec l'aide de ses amis revenants. Lorsque plusieurs habitants ont des infarctus, il est le coupable idéal aux yeux de la population. Il va devoir faire appel aux fantômes pour s'en sortir et affronter un véritable spectre-tueur...
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
